【要注意】低温倉庫の税務調査で指摘されやすい項目TOP7｜断熱・冷凍設備の計上ミスが企業リスクに直結
低温倉庫（冷蔵・冷凍倉庫）は、一般倉庫に比べて設備投資額が大きく、
建物・設備の区分や減価償却の計算が複雑になるという特徴があります。
そのため、税務調査では
**「低温倉庫特有の誤分類・計上ミス」**が非常に多く、
指摘を受けると数百万円〜数千万円規模の追徴課税につながるケースもあります。
本記事では、建設マネジメント・倉庫税務の専門家視点から
低温倉庫の税務調査で特に指摘されやすい項目TOP7を
わかりやすく解説します。
1. 建物と設備の誤分類（最も多い指摘項目）
低温倉庫で最も多い指摘が
「建物（非移動資産）」と「設備（移動資産）」の区分ミスです。
▼ よくある誤り
断熱パネルを“建物”として計上している
冷凍機・冷却ユニットを“建物付属設備”として計上
電気設備（配線・盤）を建物に一括計上
▼ 正しい区分のポイント
| 項目 | 区分 | 耐用年数 |
|---|---|---|
| 冷凍機・冷却ユニット | 設備 | 10〜13年 |
| 断熱パネル | 設備 | 15年 |
| 冷蔵庫内配管・電気設備 | 設備 | 6〜10年 |
| 建物本体（躯体） | 建物 | S造19年／RC造50年 |
誤分類は追徴課税の典型例であり、調査官が最初に確認する部分です。
2. 冷凍機・冷却設備の耐用年数の誤認
低温倉庫は冷却設備の性能が企業の収益に直結しますが、
耐用年数の誤設定が非常に多いです。
▼ よくある指摘
冷凍機を15年以上で償却している
制御盤・センサー類を建物扱いにしている
ユニット更新時の費用を“修繕費”に計上
▼ 正しい扱い
冷却ユニット：10〜13年償却（設備扱い）
制御システム：5年（無形資産含む）
大型交換工事：資本的支出になる可能性高い
3. 断熱パネル（特に壁・天井）の計上ミス
税務調査で頻出する指摘のひとつ。
断熱パネルは建物の一部のように見えますが、
**本来は設備（耐用年数15年）**として扱うのが原則。
▼ 指摘されやすいケース
断熱パネルを「建物（19〜50年）」で償却
交換工事を“修繕費”で一括処理
断熱設備の区分ミスは追徴額が大きくなりやすいため、
調査官が特に重視するポイントです。
4. 電力設備（高圧受電・配線）の誤分類
低温倉庫は
一般倉庫に比べ3〜5倍の電力消費が必要で、
専用電力設備の設置が必須です。
▼ 典型的な誤り
受変電設備を「建物本体」に計上
冷蔵庫内の電気配線を建物に含める
電力容量増設を修繕費に処理
▼ 正しい扱い
高圧受電設備：設備（耐用年数 15年）
冷蔵庫内配線：設備（6〜10年）
電力容量増設：資本的支出として複数年償却
5. 冷蔵・冷凍設備の修繕費計上の誤り
低温倉庫では、設備更新や不具合修理が頻繁に発生します。
しかし、修繕費として計上できるか／資本的支出となるかの判断が曖昧なケースが多いです。
▼ 修繕費で認められやすい例
部品交換
冷媒補充
劣化部品の軽微な修理
▼ 資本的支出と判断されやすい例
冷凍ユニットの総入れ替え
断熱材の全面交換
電気盤の大規模更新
性能向上（容量アップ）を伴う工事
税務調査では「どこまでが修繕か」が厳しく確認されます。
6. 温湿度管理システム（IT設備）の計上ミス
低温倉庫では、温度ロギング・遠隔監視などIoT設備の導入が増加しています。
しかし、多くの企業が「ハード」「ソフト」「クラウド使用料」を正しく区分せず計上しており、
調査時に問題となるケースが多いです。
▼ 正しい税務処理
| 項目 | 区分 | 償却方法 |
|---|---|---|
| センサー・端末 | 設備 | 5〜10年 |
| ソフトウェア | 無形固定資産 | 5年 |
| クラウド使用料 | 経費処理 | 発生月ごと |
7. 償却資産税の未申告・誤申告
低温倉庫では設備点数が非常に多く、償却資産税の申告漏れが起きやすいのが特徴。
▼ 申告漏れの例
冷凍ユニット
冷媒配管
電気設備
制御PLC
温湿度センサー類
ローラーコンベア
償却資産税の調査では、設備台帳の整備状況を必ず確認されます。
8. 税務調査で問題になりやすい企業の特徴
建物と設備の区分が曖昧
設備台帳が存在しない、または更新されていない
更新工事の領収書に“工事一式”としか記載がない
修繕費／資本的支出の判断基準が社内にない
冷凍設備の更新履歴を残していない
補助金受給後の税務処理が不十分
建設会社任せで税務区分を確認していない
低温倉庫は調査官からの注目が高く、“設備区分ミス＝ほぼ必ず指摘される”という認識が必要です。
9. 指摘リスクを下げるための実務チェックリスト
✔ 建物・設備の区分表を作成し、耐用年数を明確化
✔ 冷凍機・電気設備の更新履歴を台帳に記録
✔ 工事見積を「建物」「設備」「修繕」に分解してもらう
✔ IT・IoT設備（温度管理）はソフト・ハードを区分
✔ 償却資産税は毎年棚卸し・漏れチェックを行う
✔ 税務署からの問い合わせに備えて“工事内容資料”を保管
✔ 建設会社・税理士と事前に設備区分を協議
低温倉庫の税務は専門性が高く、誤分類が最も多い領域
低温倉庫の税務調査では、以下のような設備区分・耐用年数・修繕費判断の誤りが特に多く指摘されます。
● 建物と設備の誤分類
● 冷凍設備の耐用年数誤設定
● 断熱パネルの償却方法ミス
● 電力設備の誤分類
● 修繕費／資本的支出の区分ミス
● IoT設備の計上ミス
● 償却資産税の漏れ
低温倉庫は、設備投資・維持管理コストが大きく、税務処理の差が“実質的な収益性”に大きく影響します。
倉庫を新設・改修・購入する企業は、建設計画の初期段階から
建物計画 × 設備区分 × 税務対応 を一体で検証することで、
調査指摘リスクを最小化し、キャッシュフローを改善できます。
まとめ
倉庫建設のプロセスでは、各段階での効率的なコスト管理と品質確保が鍵となります。弊社のコンストラクション・マネジメント方式を通じ、コスト削減と高品質な倉庫建設を提供することを目指しています。倉庫建設に関するご相談は、ぜひお気軽にお問い合わせください。
