倉庫建設時の消費税処理ガイド｜賃貸用 vs 自社利用で異なる重要ポイント【2025年版】
倉庫の新築・増築・大規模改修を行う際、必ず発生するのが 「消費税の取り扱い」 です。
しかし、法人が倉庫を建設する目的によって、消費税処理は大きく分かれます。
特に
賃貸用倉庫として建設する場合
自社利用（物流・生産拠点）として建設する場合
では、税務上の扱いが明確に異なり、誤った処理をすると後の税務調査で指摘を受けたり、思わぬ追徴税が発生することもあります。
本記事では、倉庫建設時に必ず押さえておくべき 消費税の正しい取り扱いと注意点 を、建設マネジメントと税務の両面から分かりやすく解説します。
1. 倉庫建設にはどこまで消費税がかかるのか？
倉庫の建設に関連する支出は多岐にわたりますが、消費税が課税されるもの・されないもの を明確にしておくことが重要です。
● 消費税が課税される代表的な費用（建設企業への支払い）
建築工事費
設計監理費
地盤調査費
電気・空調・給排水工事
造成工事の一部（請負業者のサービス部分）
建材、設備購入費
すべて「役務の提供」として扱われるため、基本的に課税対象です。
● 消費税が非課税となる費用（最も誤解が多い）
土地そのものの取得費（非課税）
登記手数料
不動産取得税
印紙代
土地は非課税であるため、建設費と土地取得費を混同しないように注意が必要です。
2. 賃貸用倉庫の建設時：消費税は“全額控除できる”ケースが多い
賃貸用倉庫（テナント向け物流施設など）を建設する場合、
賃貸収入が課税売上である限り、建設にかかった消費税を仕入控除できる というメリットがあります。
● 賃貸用倉庫のポイント
物流倉庫の賃料 → 課税売上
建設費に含まれる消費税 → 全額控除の対象
長期賃貸契約での建設でも控除可能
✔ 例：建設費5億円（消費税5,000万円）の場合
→ 基本的に 5,000万円全額が控除対象 となる。
● 注意点①：居住用貸付は非課税 → 控除不可
倉庫とは異なるが、「住宅・住居」の賃貸は非課税となるため、
混在用途の場合は按分計算が必要。
● 注意点②：敷金・保証金の課税関係も確認が必要
倉庫賃貸では
礼金：課税
更新料：課税
敷金（返還されるもの）：不課税
と取り扱いが異なるため、契約書作成時に税務確認が欠かせません。
3. 自社利用倉庫の建設時：消費税控除は“限定的”になる
自社物流拠点として倉庫を建設する場合、企業の売上の性質によって仕入税額控除できる範囲が変わります。
● ポイントは「企業の売上構成比」
課税売上が多い企業 → 控除割合が高くなる
非課税売上が多い企業 → 控除割合が低くなる（按分計算が必要）
例
・課税売上割合：80%
・非課税売上割合：20%
建設費に含まれる消費税5,000万円のうち、
→ 80%の4,000万円のみ控除可能。
● 非課税売上の例（倉庫を持つ企業で意外と多い）
金融収入（利息）
保険金収入
不動産の居住用賃貸
輸出免税の特例対象外の売上
倉庫建設時の控除割合は、企業ごとの事業内容で大きく変わるため、事前の税務シミュレーションが不可欠です。
4. 建設時に見落とされやすい消費税の“落とし穴”
● 落とし穴①：土地造成の一部に消費税がかかるケース
造成工事は
土地そのもの：非課税
造成工事の役務部分：課税
と複雑な構造。
内訳書で「課税部分の明細」まで確認する必要があります。
● 落とし穴②：完成後の追加工事は税区分が変わることがある
入居テナントの要望による間仕切り変更
追加設備工事
外構修正
は収益用途との関連で控除割合が変わる可能性があります。
● 落とし穴③：インボイス制度への未対応
2023年以降、インボイス未対応企業への発注は仕入控除が100%受けられない ため、倉庫建設のような大規模工事では影響が大きい。
5. 倉庫建設の消費税処理チェックリスト
建設前に必ず確認すべきポイントをまとめました。
✔ 倉庫の用途（賃貸用 / 自社利用）を明確にする
✔ 賃貸収入の課税/非課税区分を確認
✔ 建設費の消費税と土地費用を分けて管理
✔ 自社利用の場合、課税売上割合（按分率）を確認
✔ 造成工事の課税・非課税部分を内訳書で確認
✔ インボイス対応業者かをチェック
✔ 完成後の追加工事も税務処理が変わる可能性を理解
倉庫建設の消費税処理は“用途と売上構成”で大きく変わる
倉庫建設に関する消費税処理は、非常に複雑で誤解されやすい分野です。
特に
賃貸用倉庫 → 消費税控除が最大化できる
自社利用倉庫 → 売上構成によって控除額が変動
この違いを理解しておくことは、総事業費の最適化に直結します。
建設マネジメント会社と税務専門家が早期連携することで、税務リスクの回避・キャッシュフローの改善・建設費の実質負担軽減が可能になります。
倉庫の建設を検討中の企業様は、計画初期の段階からぜひご相談ください。
まとめ
倉庫建設のプロセスでは、各段階での効率的なコスト管理と品質確保が鍵となります。弊社のコンストラクション・マネジメント方式を通じ、コスト削減と高品質な倉庫建設を提供することを目指しています。倉庫建設に関するご相談は、ぜひお気軽にお問い合わせください。
